या प्रकल्पातील सर्वात मोठे आव्हान होते ते म्हणजे सह्याद्रीच्या कठीण खडकातून मार्ग काढणे. या मार्गावर एकूण तीन बोगदे असून त्यांची एकूण लांबी ३,२०६ मीटर आहे.
वावरले बोगदा: २.६३९ किमी लांबीचा हा बोगदा मुंबई लोकलच्या इतिहासातील सर्वात लांब बोगदा ठरणार आहे.
खास वैशिष्ट्य: या बोगद्यांमध्ये पारंपरिक खडीऐवजी अत्याधुनिक 'बॅलास्टलेस' (खडीविरहित) ट्रॅक टाकले जात आहेत, ज्यामुळे प्रवास अधिक सुरक्षित आणि वेगवान होईल.