पूजेसाठी लागणाऱ्या वस्तूंची तयारी पूजेला बसण्यापूर्वीच करून घ्यावी. यात तांदूळ, हळद, कुंकू, फुले, धूप, दीप, तुपाचा दिवा, नैवेद्य (खीर, लाडू, किंवा फळे), पंचामृत, तुळस, आणि दक्षिणा यांचा समावेश असावा. भगवान धन्वंतरींच्या पूजेत विशेषतः तुळशीची पाने आणि सुवासिक औषधींचा वापर करणे शुभ मानले जाते, कारण धन्वंतरी हे आयुर्वेदाचे जनक आहेत. पूजेच्या सुरुवातीला गणपती पूजन करावे आणि नंतर धन्वंतरी, लक्ष्मी आणि कुबेर यांना एकत्र नमस्कार करून, तिळाचे तेल किंवा तुपाचा दिवा लावून मंत्रोच्चार करावा — “ॐ धन्वंतरये नमः”, “ॐ श्रीं ह्रीं क्लीं श्री सिद्ध लक्ष्म्यै नमः” आणि “ॐ कुबेराय नमः”.